Kilise, Aziz Petrus’un Hz. İsa’nın vefatından kısa bir süre sonra kendilerini Hıristiyan olarak adlandıran ilk cemaati topladığı rivayet edilen ve Haçlıların Antakya’yı işgal ettiği dönemde yapılan süslü büyük kapıdan girilen mağarada kuruludur.

1963 yılında Vatikan tarafından kutsal ilan edilmiş ve o zamandan beri Hıristiyanların haç yeri haline gelmiştir. Her yıl, Aziz Petrus’un ölüm tarihi olarak kabul edilen 29 Haziran’da burada bir ayin yapılmaktadır. Bu mağara-kilisenin sonunda, ilk Hıristiyanlarca bir kaçış yolu olarak kullanıldığı söylenilen bir tünel de mevcuttur.